science:biophysics //NBI to LSI

ExxonMobil bohrt nach “unkonventionellem Gas” in Deutschland. Ganz Deutschland? Nein, denn nur die niedersächsische Landesregierung ist bereit, Grund- und Trinkwasser aufs Spiel zu setzen. Fracking heißt die Methode, die ExxonMobil seit 2003 in Niedersachsen anwendet. Meiner Meinung nach, gibt es genug Berichte und wissenschaftliche Studien, die zeigen, wie gefährlich dieses Unterfangen ist. Einfach mal youtuben zu “Fracking Tap Water” oder in den Proceedings der American Academy of Sciences stöbern: doi 10.1073/pnas.1100682108

Anyways, es gibt großartigen und mutigen grassroots-Widerstand in den USA und in Europa. Dieser muss immer wieder gegen die Lügen, die Fracking-Lobby nach vorne drückt, ins Feld ziehen. Schade -nein, eigentlich eine Sauerei- dass solche Lügen zum Teil auch unkommentiert in spaltenlangen Zeitungsartikeln der HAZ auftauchen: “Angst vor dem Bohrer”, Hannoversche Allgemeine Zeitung, 15. August 2011. (Google sucht Euch den Artikel raus, ein “wunderschönes” Propaganda-Foto mit dem Artikel als Belohnung!)

Mein Leserbrief wurde extrem verkürzt am 27. August 2011 abgedruckt. Darin ist jeder aufklärende Versuch (Quellenangaben, Zitate, etc.) wegen Platzmangel gestrichen worden. Deswegen veröffentliche ich hier das Originalmanuskript:

Trinkwasser in Flammen

„Unkonventioneller Gasförderung“ ist eine Gefahr für Trinkwasser, Natur und Menschen. Wie kann der Konzern Exxon einfach die US-erprobte Litarnei der Gas-Lobby in Niedersachsen anbringen?

Das giftige Methangas sammelt sich um „unkonventionelle Gas-Bohrstellen“ an, wie sie jetzt in Hagen bei Neustadt geplant sind! Das veröffentlichte die Forschergruppe um Stephen Osborn (Duke University, USA) im May 2011 (Proceedings of the National Academy of Science USA, 17. Mai 2011, Seiten 8172-8176). Dennoch stellt sich Exxon-Ingenieur Dieter Sieber vor die Presse und behauptet: “Es gab auch noch nie Probleme.” (HAZ, 15. August 2011) Die Uninformiertheit bei Sieber hat scheinbar Methode: „Dennoch werde die größte Menge [der Fracking-Flüssigkeit] wieder herausgepumpt.“ Seit wann, lieber Herr Sieber, sind 20% “die größte Menge”? Von den Chemikalien, mit denen die Fracking-Flüssigkeit versetzt ist, gelangen eben nur 20% nachweislich wieder an die Oberfläche. Selbst radioaktive Stoffe treten als Verunreinigungen ins Grundwasser ein (http://www.nytimes.com/2011/02/27/us/27gas.html).

Kennen Sie Ihr Fach wirklich so schlecht, Herr Sieber, oder wollen sie AnwohnerInnen und Betroffene hinters Licht führen? Schließlich hat Ihr Unternehmen ein Millioneninteresse.

In den USA ist die Aufklärung und Verhinderung von neuen Fracking-Bohrstellen von oberster politischer Priorität. Gesetzliche Ausnahmen ermöglichten es Halliburton, ExxonMobile und Co. seit der Bush-Ära ohne Kennzeichnungspflicht für Chemikalien in Fracking-Flüssigkeit zu bohren. Diese Unternehmen müssen nicht einmal Unbedenklichkeitsnachweise für ihre Technologie erbringen. Gas im Trinkwasser ist eine bittere Realität in Pennsylvania, Colorado, Wyoming und Texas. Natur, Landwirtschaft und Grundstückswerte sind aufs Stärkste in Mitleidenschaft gezogen.

Dank fehlgeschlagener Gesetzgebung sind weite Landstriche der USA teilweise unbewohnbar. Und das ist keine Übertreibung, der Film „Gasland“ und viele Interviews mit Betroffenen geben Zeugnis von kurzlebigen Konzerngewinnen und zerstörten Trinkwasser. Innovativ, wie das niedersächsische Wirtschaftsministerium meint, ist Fracking nur für die Konzerne selber, für Mensch und Natur ist es eine riesengroße Gefahrenquelle. Mit dem Moratorium auf Fracking-Bohrungen hat die NRW-Landesregierung Niedersachsen einen Schritt voraus. Wiederum in den USA: dort wo noch keine klare Gesetzeslage vorliegt (z. B. West Virginia), drücken Gasunternehmen umso stärker: mit infamen Lügen wie „Mr. Frac“ oder durch Einflussnahme auf den Gesetzgebungsprozess.

Ein weiterer politischer Aufreger: In einer mündlichen Anfrage am 17. August 2011 im niedersächsischen Landtag kam heraus, dass ExxonMobil 2 Millionen Euro Subventionen erhält, und zwar für jede Fracking-Testbohrung, die nicht erfolgreich verläuft. Also bezahlen Steuergelder in Niedersachsen die skandalöse Methan-Anreicherung des Trinkwassers…

Let me start with a brief anecdote before sharing a collection of potentially useful links about a perennial issue: What’s the best practice in dealing with instrument drivers when updating to a new version of LabVIEW?

Shortly after starting my postdoc at the Shaevitz lab, we discussed the potential benefits of updating to LabVIEW 2010. Just as in any basic research lab, I guess a LabVIEW update could have turned into a substantial controversy, due to mixed experiences in the past. It didn’t this time. We put our heads together to come up with a good update guide that merges two particular desires: to maintain experimental procedures (`no-change policy’) and to get a grip on the remarkable –some might say, necessary– improvements of the new version. E.g., my programming takes advantage of the refined version compatibility, the optimized compiling, and the polished streaming protocol TDMS. (Compare to TimeSeriesStreaming.vi)

Our list of good practices includes:

1. Backup all files in any way related to your LabVIEW VIs (also old instrument drivers, custom VISA controls, etc.)
2. Install LabVIEW into new directory and keep old versions
3. Update your instrument drivers (check ni.com/idnet for available updates!) after quickly browsing over Plug and Play Instrument Driver Installation Instructions
4. Move unchanged instrument drivers to <newLabVIEWversion>\<instr.lib>, and customized VIs to <newLabVIEWversion>\<user.lib> or <newLabVIEWversion>\<vi.lib> (this depends on your common practice)
5. Run each of your high-level VIs at least once before attempting use, redirect to the libraries (VIs in *.llb are not found automatically!), and save them after a test run

An afternoon later, one concentrated update session older, we are now running LabVIEW 2010 using our customized, familiar VIs and starting to use those cool new features. Happy programming/streaming/indexing ahead …

p.s.: For those interested in instrument driver programming in LabVIEW, you might like the 10-minute tutorial LabVIEW Tips and Tricks for Creating Better Instrument Drivers

Yes, indeed, for a long time I haven’t updated neither the weblog nor my instant messaging list, and all that for a very specific cause: words like Allan, measurement, optical, tweezers, time, noise, fast, detection, scheme, etc. kept me more than busy. For the last six weeks I had produced pages that fit nicely into this wordle cloud (easy-to-use Java app at wordle.net):

I am defending my PhD thesis on Thursday, November 11, 2010, in Auditorium A at the Niels Bohr Institute. The defense is public, and all of you are more than welcome to drop by, when I’m starting to answer all the challenging questions by the committee at 10am.

Michael Stone and his group invited me over to their labs at the University of California at Santa Cruz. Michael and I had chatted about our common interest on topoisomerase, magnetic tweezers, and fluorescent single-molecule techniques. I was quite impressed by the scientific environment affiliated with the RNA Center at UCSC (check out Bill Scott’s Lab in particular), the cool experiments Holger Schmidt and Dave Deamer introduced me to, and the great group that Michael has been gathering for about the last two years. I had a chance to talk to each of them individually about their projects, and found it extremely amazing to what detail we will understand telomeres and telomerases in the near future. Thanks a lot for the chance to give a small seminar, the slides are available for download.

Special thanks to all of you that made this visit one of the most exciting scientific visits I’ve ever experienced.

Those were very exciting and stimulating two days I spent at the Zentrum für Innovationskompetenz für Humorale Immunreaktionen bei kardiovaskulären Erkrankungen (Centre for Humoral Immune Reactions in Cardiovascular Disease). There, in the North-Eastern tip of Germany, medical doctors, biologists and biophysicists have teamed up to build and establish something that is not just visionary, but exemplary for research with a mission: bring together those three disciplines, discuss pressing issues, and come up with ideas (and solutions) to understand general concepts of auto-immuno responses.

I got the chance to put some of my own research in a perspective to ongoing projects at the ZIK HIKE (download).

I was flattered by the attendance and the great discussions that evolved after this talk. In particular, special thanks to Kay Gottschalk, Sven Brandt, Prof. Greinacher, Prof. Helm, and Stephan Block for insights into their research and the openness to share their ideas.

Something is forming at the Clinical Centre at the University of Greifswald, and it’ll help us learning more about the immunology inside ourselves. I have already understood some bits and pieces more on this visit …

Even though this post might be a little too much of an ad, I love the concept behind the

Journal of Visualized Experiments

This peer-reviewed journal contains an approximately 6-minute video clip with each paper. Here, the researchers actually conduct the experiments and explain their approach. The clips also show how the raw data is processed. So far the journal mostly covers medical and biochemical experiments. Roughly one third of the articles are freely accessible; the rest require a subscription.

There are two publications I can recommend based on personal scientific interest:

• S. Wang, H. Arellano-Santoyo, P.A. Combs, J.W. Shaevitz, “Measuring the Bending Stiffness of Bacterial Cells Using an Optical Trap,” doi:10.3791/2012, 2010
• K. Trontelj, M. Ušaj, D. Miklavčič , “Cell Electrofusion Visualized with Fluorescence Microscopy,” doi:10.3791/1991, 2010

Visualizing experiments in this way gives undergraduates a very good sense of what to expect when conducting experimental labwork.

I just love this idea; spread it, and use it!